La biologie moléculaire est un exemple de domaine qui force régulièrement les chercheurs à revisiter des concepts pour répondre à des questions a priori simples mathématiquement, mais qui deviennent vite intraitables à cause de la nature des données et connaissances disponibles. Dans cette optique, on expliquera ici comment la prédiction des mécanismes de symbiose entre des bactéries et des organismes marins devraient être théoriquement "simples", mais nécessitent au final de s'appuyer sur des abstractions discrètes de systèmes dynamiques et des méthodes originales de résolution de problèmes d'optimisation combinatoire pour s'adapter au contexte